L'hygiène des bâtiments et matériels est un point crucial de la bonne conduite des élevages. Le nettoyage et la désinfection des bâtiments d'élevage sont un élément essentiel de contrôle et de prévention des problèmes sanitaires. Le nettoyage et la désinfection des bâtiments, pour être complète, elle doit être complété par un plan d'élimination et de prévention, des rongeurs et des insectes.
La désinfection des bâtiments d’élevage est essentielle dans la prévention des maladies infectieuses, même si elle est apparaît souvent comme fastidieuse. Elle ne se résume pas à l’application d’un détergent mais comprend un ensemble d’opérations, de nettoyage, de lavage, de désinfection (passage d’un désinfectant ou détergent puis désinfectant) et la mise en place d’un vide sanitaire. Toutes ces actions participent à réduire la pression des microorganismes pathogènes présents dans les locaux, pression d’autant plus forte que les troupeaux sont importants. Pour maximiser l’efficacité du désinfectant, ce protocole doit être maîtrisé dans sa totalité. Encore peu d’élevages profitent de la période estivale pour réaliser ce processus après le curage des bâtiments. Il ne faut pas non plus oublier la désinsectisation (mouches, moucherons, poux,...).
L'hygiène et l'ambiance des bâtiments passe aussi par l'entretient régulier des aires paillées, des zones bétonnées de promenade ou de circulation, salles de traites,... Pour cela, il est indispensable de maintenir un niveau d'humidité le plus bas possible sur toutes ces zones au moyen de produits litières, lisiers,... Ces produits ont des rôles asséchants, assainissant, neutralisant l'ammoniac,... Ils contribuent significativement à l'hygiène et l'ambiance des bâtiments, mais aussi au bien être des animaux, mais aussi de l'éleveur.
